AM菌剂能产生品种全、数量多的各类抗生素，提高了畜禽的抗病性和免疫力，抑制和杀死病原微生物。如AM菌剂的乳酸菌群，它能抑制腐败杆菌，从而使粪便减少腐败，臭气亦就减少了。再如AM菌剂的放线菌群可产生大量的抗生物质，它既不伤害人畜（禽），也不伤害地力。它在畜禽体内不同于化学药物，在杀灭病原菌的同时也杀灭了有益菌，破坏了动物体内微生态环境，而放线菌能在让微生态环境很快恢复良性状态时消灭病原菌，所以AM能防治畜禽的许多疫（疾）病，且有神效。